Il existe trois variétés  de cobayes : l'Anglais, L'abyssin et le Péruvien.

L'Anglais se distingue par un pelage lisse et court unicolore bicolore ou tricolore.

L'Abyssin se distingue par un pelage court de couleurs très variées, mais plus dur et disposé en spirales et en rosettes.

Le Péruvien se distingue quand à lui par des poils longs et épais aux coloris très divers.